Aunque hay rastros que demuestran que la zona que hoy ocupa Mungia estuvo habitada desde tiempos prehistóricos (existe un castro en Berreaga, y se han hallado estelas de diversa cronología en pueblos vecinos), la primera referencia documental que hallamos, es del año 1051, cuando un abad de Mungia (Mome Munchiensis abba) confirmaba una donación de los Señores de Bizkaia al monasterio de la Cogolla.
Suponemos que en un principio, Mungia, nombre que parece provenir de Mune-Ganean, en referencia a su situación a orillas del río Butrón, no sería más que una pequeña aldea de población dispersa, con la iglesia como núcleo aglutinante, pero poco a poco fue adquiriendo una relativa importancia, derivada de su condición de centro administrativo eclesiástico (la existencia de un Abad nos hace pensar en ello), como su emplazamiento en un punto de paso entre el interior del señorío y la costa, principalmente Bermeo, que comenzaba a destacar como puerto de exportación.
En estas condiciones, importantes familias nobiliarias se asentaron en los alrededores de la población y levantaron sus casas torre, asentando en la explotación de la tierra su poder económico.
Pero a consecuencia de la gran crisis agropecuaria de finales de siglo XIII, los linajes vieron afectada su economía, y reducidas sus ganancias; en esta situación, intentaron mejorar sus fuentes de riqueza, empleando a menudo el recurso más fácil, la violencia: con la excusa del "valer más", lucharon entre ellos y diezmaron y despojaron a los campesinos y campesinas, complicándolos en las luchas de Bandería.
En la zona de Mungia, hallamos representantes de ambos bandos, siendo la familia Billela parte del bando Gamboíno, mientras que los Butrón eran cabeza del bando de Oinaz; la cercanía geográfica de las casas torre de ambos, hicieron que las luchas entre ellos fuesen abundantes.
La villa de Mungia es hija de esta situación, dado que algunos de los vecinos y vecinas de la zona, en vista de los atropellos cometidos por los nobles, solicitaron al entonces Señor de Bizkaia, el Infante Don Juan, el título de villa, para así poder cercarse y mejor defenderse de los ataques de aquellos que asolaban su suelo.
De este modo, el 1 de agosto de 1376, nace la villa de Mungia, (regida por el fuero de Logroño) en el centro de la anteiglesia del mismo nombre.
Ambas pertenecían a la merindad de Uribe y contaban cada una con su ayuntamiento autónomo, así como distintos asientos en las Juntas de Gernika, siendo el Nº 69 para la anteiglesia y el 15 para la villa.
Pero el nombramiento de villa no evitó que se produjesen luchas en la zona; de este modo se suceden episodios de diversa condición, derivados de la guerra de banderizos, entre ellas y como más importantes entre otras pequeñas escaramuzas, caben destacar la batalla de Berteiz o la conocida como batalla de Mungia, ocurrida el 27 de abril de 1479, en la que los bandos de Oinaz y Ganboa, hasta ahora enemigos, se aliaron para luchar contra el conde de Haro.
Pero dejando a un lado estos episodios, la vida en Mungia debía resultar bastante apacible, con una dedicación económica principalmente agropecuaria, con varios molinos situados en la orilla de los múltiples riachuelos que riegan la zona, además de los pequeños talleres de artesanía asentados en la villa.
El devenir cotidiano era roto en pocas ocasiones, como en el incendio de 1602, o en el más importante, de 1778, cuando el 9 de noviembre, ardieron 14 de los principales edificios de la población, desde este momento y en prevención de futuros accidentes, los productos inflamables como paja, madera o carbón, fueron almacenados en un lugar inmediato a la villa, que se conoció con el nombre de "Atzekaldeta", por su situación en la parte trasera de la población.
Restando algún que otro sobresalto de este tipo, el tiempo avanzaba calmado tanto para la villa de Mungia, como para la anteiglesia del mismo nombre; eran entidades independientes, aunque se unían para lograr algunos servicios y mejoras. De este modo, la escuela era la misma para ambas y en el momento de canalizar el agua desde el monte Gondramendi hasta la población, los dos ayuntamientos dividieron gastos. Poco a poco, eran cada vez más las cosas que realizaban en común y mayores los problemas que acarreaba la dualidad, de tal modo que se comenzó a pensar en la unión de ambas partes, formando una sola.
Y así se hizo: el día 6 de octubre de 1900, mediante una ceremonia, villa y anteiglesia se fusionaron, pasando desde entonces a ser una sola. La fuente que se sitúa hoy en Beko Kale, frente a Arnaga, simboliza esta unión bajo el lema "Biak bat eta biena".
